É definitivamente viável e suportado para executar um controlador de domínio no Azure. Depende do que você deseja alcançar para saber se essa é a melhor opção. Se você estiver olhando principalmente para gerenciar a política do PC cliente e fornecer autenticação, geralmente você deseja um DC próximo às máquinas que ele atende. Se a maioria dos usuários estiver em um escritório e você tiver infra-estrutura lá, ainda é uma boa idéia manter seu DC no escritório perto deles. O principal motivo para colocar outro controlador de domínio no Azure seria o serviço de aplicativos que você também está colocando em VMs do Azure que exigem autenticação do AD ou acesso ao diretório.
Se você quiser se afastar da infraestrutura local e ainda precisar da política de grupo tradicional e do gerenciamento de identidades, é possível usar DCs no Azure e fornecer acesso por meio de uma VPN, como você disse. Há a opção de site a site para estender sua rede para o Azure, ou você pode dar uma olhada no novo recurso VPN ponto a ponto que permite o acesso direto da VPN ao Azure usando um agente instalado em cada cliente. Isso pode funcionar bem para uma pequena base de usuários.
Lembre-se também de que o Windows armazena em cache as credenciais, de modo que, desde que você receba um usuário autenticado uma vez por meio da VPN, ele não precisará ser executado para efetuar login posteriormente. É claro que eles precisarão fazer login periodicamente para aplicar a política mais recente, que pode ser reforçada ou incentivada por meio de um script de logon, etc.
Espero que ajude.