Como é um novo sistema, pode ser necessário baixar e instalar alguns pacotes atualizados. Se a lentidão ainda estiver presente, tente fazer algo como
ps -ef|grep apt
na máquina virtual para ver se há um processo relacionado ao apt em execução. Se a lentidão de repente se resolver, vale a pena verificar /var/log/dpkg.log
para ver se um monte de pacotes foi instalado, causando lentidão.