O software cliente NTP "oficial" simplesmente incrementa o estrato em um para cada servidor conectado. Todos os servidores conectados a um servidor Stratum 0 são Stratum 1, todos os servidores conectados a eles são Stratum 2 e assim por diante.
Em geral, isso é sensato. Você certamente não deseja aumentar seu estrato em 1 por salto de rede, pois isso é:
- não confiável, já que nem todos os saltos aparecerão no traceroute de qualquer maneira, e
- resultaria em números de estratos malucos, não é incomum estar a 10 ou mais saltos de rastreio longe de seu provedor de NTP.
Em geral, o protocolo NTP é projetado para ser resiliente à "distância da rede", ou seja, o RTT não é terrivelmente relevante. O que é muito mais relevante é a consistência desses RTTs.
Editar: Para abordar um dos comentários, a configuração "remota" normal tem o clock local como stratum 12. Em geral, se um servidor estiver sendo sincronizado com um servidor 0/1/2 do estrato, ele deve ser considerado mais confiável que o clock na placa-mãe do computador. Isso significa que ele deve ter um estrato menor que 12, caso contrário, os clientes "normalmente configurados" acreditarão que são mais confiáveis.