Se a sua VM estiver no armazenamento local do RAID 5, vá em frente e desfragmente. Mas se é em armazenamento compartilhado de qualquer sofisticação (SAN ou NAS), fale com seus caras de armazenamento primeiro. Pode haver provisionamento thin ou desduplicação em uma camada que o VMware não conhece, e a desfragmentação pode fazer com que a VM use muito mais espaço ou até mesmo ter um desempenho pior.
Além disso, se este for o ESXi versão 4 e o disco virtual for thin provisioned na camada VMware (mesmo no armazenamento local), a desfragmentação fará com que o VMDK use mais espaço à medida que novos blocos forem gravados. Isso também pode retardar permanentemente as coisas fragmentando o arquivo VMDK na camada do VMFS, já que os blocos recém-gravados são alocados pelo VMFS fora de ordem, do ponto de vista do convidado. Uma operação de clonagem ou conversão seria necessária para corrigir as coisas novamente.