Desde que sua plataforma seja uma plataforma de servidor e não uma estação de trabalho, ela funcionará. (plataformas de estação de trabalho do Windows tem limitação no número de conexões simultâneas)
O Linux é muito mais eficiente, mas se o seu site passar nos testes de carga que você espera no windows os ... não há razão para ir ao Linux. (além de preço, estabilidade, consumo de estoques ... :-))