Você pode configurar facilmente um URI que estará ativo na sua instância do EC2 e definir a verificação de integridade do ELB para chamá-lo. Até que a verificação de integridade URI retorne um código de status 200, a instância não estará ativa no ELB para receber tráfego.
Na maioria dos casos, o padrão é apenas consultar o servidor para o URI /, mas você pode alterar para que seja o que desejar. No meu caso / irá falhar se a configuração do webapp para ele não estiver pronta para o tráfego. Você também pode apontar para uma página CGI ou PHP que faria uma verificação do sistema e retornaria com um bom código de status 200 quando tudo estiver pronto.