O Windows Defender pré-Windows 8 é uma ferramenta fraca voltada para ameaças específicas. Não é um AV completo, e é por isso que a Microsoft lança o Microsoft Security Essentials para usuários domésticos. No Windows 8, o Defender tem a funcionalidade MSE incluída.
O endpoint do SCCM e do Intune é funcionalmente semelhante ao MSE, exceto pelo fato de permitir relatórios de gerenciamento centralizado mais granulares e relatórios, que podem ser feitos através do Intune ou do SCCM. As versões do SCCM e do Intune são idênticas, exceto que uma é gerenciada por meio de uma instância do Intune baseada em nuvem e uma é gerenciada por meio de uma instância SCCM local.
Então, basicamente, quando se fala sobre o Windows 8 - todos os três são semelhantes. Tudo se resume à gestão e relatórios, ou a falta dela.