Não - você não pode - você terá bugs e falhas misteriosas, pois o PHP não é thread-safe.
Mas você pode usar o worker-mpm para arquivos estáticos e algo como php_fcgi
ou um proxy reverso para outra instância httpd somente para PHP.
Estou usando o último - ele permite que eu execute vários sites - todos com diferentes permissões e configurações no CentOS 6.