IMHO a (mais recente e) melhor maneira de executar o PHP FastCGI está usando PHP-FPM , que entre as muitas opções também permite para usar usuários diferentes em sites diferentes.
Do site oficial :
Ability to start workers with different uid/gid/chroot/environment and different php.ini (replaces safe_mode)
Mas o uso do FastCGI por si só não é suficiente para usar o proprietário do arquivo (e não existe "automaticamente usando o proprietário do arquivo": você tem que realmente configurá-lo virtual host por host virtual (ou como você deseja).