Se você quiser usar arquivos de configuração .htaccess enquanto usa PHP como CGI / FastCGI, você pode usar o módulo PHP htscanner , que pode analisar arquivos de configuração .htaccess existentes e novos com várias opções (incluindo php_value).
UPDATE: A resposta está desatualizada. Veja abaixo a resposta atualizada:
Since PHP 5.3.0 PHP includes support for configuration INI files on a per-directory basis. These files are processed only by the CGI/FastCGI SAPI. This functionality obsoletes the PECL htscanner extension. If you are using Apache, use .htaccess files for the same effect.