Acredito que você encontrou o seguinte problema:
Bug 678831 - Fim da partição Sobrepõe ao redimensionar a partição estendida
Este bug foi corrigido no GParted 0.13.0.
Já que muitos problemas foram corrigidos desde a versão 0.12.1 do GParted, você seria capaz de experimentar a versão mais recente (atualmente 0.16.1)?
Uma maneira fácil de fazer isso é inicializando a partir de mídias que contenham GParted Live .
Curtis