Você não deve compactar volumes nos quais planeja usar a deduplicação.
Artigo da Base de Dados de Conhecimento da Microsoft Os arquivos estão corrompidos em volumes desduplicados que foram criados como estados compactados com NTFS: -
...deduplication metadata that is stored on the compressed volume root becomes corrupted when a process writes in-place to a file on the deduplicated volume.
...
To resolve this problem, do not enable data deduplication on an NTFS volume that has volume-level compression enabled.
O artigo continua listando as etapas para desabilitar a compactação nas pastas de metadados de desduplicação em que o problema ocorre.
Parece que você pode ativar a compactação no nível da pasta NTFS e isso "funciona conforme o esperado", mas como a deduplicação compacta o conteúdo de qualquer maneira, esperaria que os ganhos fossem limitados e recomendo que você configure alguns volumes de teste e teste com um subconjunto dados para ter certeza.