Se você ainda tiver acesso à instância, acredito que a maneira mais simples seria usar o "dd" para copiá-lo para um arquivo raw (possivelmente canalizando diretamente o SSH para o sistema de destino, como em ssh your.ec2-syst.em 'dd if=/dev/sdh bs=1M | gzip' | gunzip | dd of=/tmp/ec2-image.raw
) e depois usando algo como qemu-img para converter a imagem bruta em um arquivo VMDK.