Aqui está uma descrição de um processo . Eles usaram uma grande partição de troca para hospedar o sistema de arquivos raiz durante a mudança. Você não precisa desse truque, porque você tem o segundo HDD.
Uma boa dica: o seu servidor suporta a inicialização do segundo disco rígido? Você pode configurá-lo para arrancar a partir de 2hd HDD? Eu acho que você poderia simplificar a solução e não alterar a partição / boot. Os bootloaders ainda não gostam do LVM, então você ainda precisa de uma partição regular para hospedar seu / boot. Deixar / boot ser e apenas alterar a localização do sistema de arquivos raiz simplifica o processo. Você pode ter 2 entradas no mid-migration do grub.conf: com root no local antigo e no LVM. Caso algo dê errado, você pode inicializar a imagem de resgate, alterar a entrada padrão e fazer outra migração na migração.
E sim, eu sinceramente concordo com o poige. Teste em um ambiente virtual antes de começar a jogar com o sistema real.