Sempre tentei me ater a sites individuais para aplicativos. Você obtém muito mais controle sobre tudo e, se estiver executando o ASP.NET, não encontrará problemas em cascata do Web.config que sejam fáceis de atingir. Além disso, você tem um controle mais detalhado sobre os pools de aplicativos e, na verdade, é capaz de observar o desempenho de cada aplicativo individual. Isso é tudo preferência.
Independentemente disso, provavelmente a melhor resposta é que você aplique ligações no nível do site e NÃO no nível do aplicativo. Portanto, se cada aplicativo precisar de seu próprio URL ou SSL, em vez de não SSL, você realmente precisará procurar sites individuais.
Além disso, como você mencionou, você quase tem que programar com o mecanismo de implantação em mente. Como qualquer uso de URLs relativas, quebra muitas coisas.
Por fim: por que eles não querem usar subdomínios? Ele fornece separação RESTfulish agradável de recursos, se você me perguntar.