Sim, existem limites. Linux agora suporta 65536 grupos, mas você precisará usar ACLs e RPCSEC_GSS e NFS versão 4.0 ou superior, se você precisar de mais de 16, pois o AUTH_SYS historicamente tem um limite de 16 grupos .
Além do limite NFS < 4.0 de 16:
- Kernel do Linux > = 2.6.3: 65536
- Kernel do Linux < 2.6.3: 32