O problema é com as bibliotecas gtk do Ubuntu 13.10. O menu global que o Ubuntu tem, GTk não é capaz de usá-lo para suas opções de menu. Portanto, como disse @bogdan, use o comando
UBUNTU_MENUPROXY= ./smartgit.sh
ou abra o smartgit.sh / smartgithg.sh no seu editor de texto favorito e adicione a linha abaixo logo após os comentários no arquivo,
UBUNTU_MENUPROXY=0
i.e. deve parecer
#!/bin/bash
#
# Normally, editing this script should not be required.
#
# To specify an alternative Java Runtime Environment, set the environment variable SMARTGITHG_JAVA_HOME
UBUNTU_MENUPROXY=0
if [ ......