Sim, é realmente uma duplicata. E uma exclusão de força pode ter funcionado, mas um fsck foi a correção correta. Basicamente, eu corri o fsck, e ele viu alguns bytes que ele achava que era um diretório, então ele apenas colocou uma entrada de diretório para ele no lost + found. A execução do fsck novamente verificou o conteúdo do diretório, encontrou a duplicata e a removeu.