Você precisa gerar a lista de tabelas que deseja descartar e, em seguida, agir sobre ela.
mysql -u USER -p -D test -Bse "show tables like 'wiki_%'" >tables.out
mysqldump -u USER -p test <tables.out >wiki_tables.dump
ou como um forro
mysqldump -u USER -p test $(mysql -u USER -p -D test -Bse "show tables like 'wiki_%'")
mas você ainda pode digitar a senha duas vezes.