Como uma solução temporária para o problema, criei um .bat com
icacls "folder_path*" /inheritance:e
e coloquei isso no Agendador de Tarefas.
Se alguém mais tiver uma ideia melhor, poste-a nas respostas.
EDITAR: O problema era que o arquivo PDF foi criado pela primeira vez na pasta% appdata% e, em seguida, seria movido na pasta personalizada na mesma unidade e, portanto, manteria as permissões originais que ele tinha na pasta% appdata%.
Eu criei uma nova pasta em outra unidade e o arquivo herda as permissões da pasta onde ele está salvo (já que mover outra unidade é, na verdade, primeiro copiar e excluir o arquivo original).