Este é um problema comum, mas a resposta é simples. Você só precisa criar os diretórios físicos com a mesma estrutura que os diretórios virtuais na raiz do FTP. Os diretórios virtuais são usados antes dos físicos, então é ok que o caminho seja duplicado. Scott Forsyth tem uma série antiga (2004) de posts cobrindo FTP sob o IIS. A boa notícia é que isso ainda é verdade hoje.
Ele aborda essa questão aqui: link 2D00 -Part-2- 2D00 -Diretórios Virtuais_2F00_Physical-Directories.aspx