Finalmente encontrei a resposta. Quando você está fazendo algo assim, você precisa redeclarar as configurações do PHP-FPM (todas as coisas que estavam no bloco location ~ \.php$ { (this code) }
.
Então, para evitar a redundância, coloquei esses valores em outro arquivo e fiquei com algo parecido com isto:
server {
# pass the PHP scripts to FastCGI server listening on UNIX socket
location ~ \.php$ {
include /etc/nginx/fastcgi_php_text;
}
location / {
index index.php;
}
location ^~/folder/ {
deny all;
allow ...;
include /etc/nginx/fastcgi_php_text;
}
}
Não faço ideia se esta é a melhor maneira de fazer isso, mas essa é a única maneira que descobri.