Como foi respondido pelo Vlastimil Zima, você pode usar SSLRequire
para isso (pelo menos se você quiser / precisar fazer a diferença entre os dois CA's). Caso contrário, apenas combinar os dois certificados em um é bom o suficiente (como perguntado por Curtis: sim, você pode simplesmente combinar certificados para fazer algo parecido com este trabalho). E vendo o seu exemplo, apenas combinando é bom o suficiente.
Com o SSLRequire
você pode verificar o emissor (supondo que os CNs sejam diferentes), por exemplo:
<Location /locationone>
SSLRequire %{SSL_CLIENT_I_DN_CN} == "THE CN OF THE FIRST ISSUER"
</location>
<Location /locationtwo>
SSLRequire %{SSL_CLIENT_I_DN_CN} == "THE CN OF THE SECOND ISSUER"
</location>
E para que isso funcione, você ainda precisa combinar os 2 Certificados de CA em um.