Se " servidor DNS estiver configurado em cada um desses servidores como uma zona secundária ", essa zona não será integrada ao Active Directory.
Eu preciso verificar isso, mas achei que as zonas secundárias eram somente de leitura, mesmo no servidor DNS do Windows. Supondo que as atualizações de DNS dinâmicas, os clientes tentam registrar seus registros com seus servidores primários, que é provavelmente o DC em cada site, dependendo de como você configurou seu DHCP. Se você realmente tiver esses servidores configurados como servidores secundários, eles não aceitarão atualizações (?) E nenhuma transferência de zona será obtida pelo servidor DNS mestre.
Algo não faz sentido aqui - você pode adicionar detalhes à pergunta?