Não sei se funcionará para cada possível cenário de atualização, mas testei isso e a atualização funcionou sem problemas de replicação:
# /etc/mysql/conf.d/binlog_ignoredb_mysql.cnf.disabled
# Rename this to end in .cnf prior to performing 'apt-get upgrade'.
# Otherwise, its attempts to 'ALTER TABLE users' will cause replication errors.
# After upgrade is complete, rename back to .disabled and then /etc/init.d/mysql restart
[mysqld]
binlog-ignore-db=mysql
Observe que meu teste foi em uma pequena atualização (5.5.41 a 5.5.43).