Se você estiver usando o Compiz / Unity, você pode fazer isso no infame Gerenciador de configurações do CompizConfig , mas é um pouco complicado.
A tecla "Correspondência de decoração" no plug-in Decoração de janelas especifica as janelas que fazem têm decorações. Para desativar seletivamente as decorações das janelas, você deve construir uma expressão que corresponda a todas as janelas exceto aquelas que você deseja desativar.
Por exemplo, se você quiser desativar as decorações de janelas para os quais os títulos terminem em "Mozilla Firefox" ou "Chromium", você poderá definir a correspondência de decoração como:
(!title=Mozilla Firefox$) & (!title=Chromium$)
A documentação completa para a correspondência de janela do Compiz está no link