Como observado na pergunta, o Namecheap deve ter um problema com o recurso "Reemitir" disponível no painel. Para reemitir o certificado diretamente do RapidSSL, visite esta página e insira suas informações: link
Eu tive o mesmo problema depois que eu acidentalmente excluí meu arquivo de chave e o csr para a solicitação original, e isso foi esclarecido!