Edit: Opa, eu interpretei mal a pergunta. Sim, certifique-se de que bin_log esteja comentado. Reiniciar. remova todos os logs de bin e o índice de log de bin. Em seguida, adicione bin_log de volta ao seu my.cnf e reinicie. Deixarei minha resposta original porque contém algumas coisas decentes, especialmente sob o nº 1.
Original: Você tem algumas opções aqui. No entanto, nunca é uma boa idéia excluir logs da pasta por meio do sistema de arquivos, a menos que o banco de dados tenha sido configurado para não gerá-los por mais tempo.
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Mantenha os registros da lixeira, mas expire-os ocasionalmente. Adicione expire_logs_days = 3 ao seu my.cnf e todos os servidores Mysql devem ter essa configuração se gerarem logs bin. Eu uso 10 dias nos meus servidores. Você pode querer adicionar max_binlog_size = 100M ou algum outro tamanho menor que o padrão de 1G em um servidor de desenvolvimento. O Mysql só remove bin_logs quando atinge os maximos dias e tamanho max.
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remova completamente os registros bin. Comente o log_bin no seu my.cnf. Reinicie o Mysql porque log_bin não é dinâmico. Agora você pode entrar e excluir os logs da lixeira através do sistema de arquivos.
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Limpe bin_logs até um certo ponto. Faça o seguinte na linha de comando do mysql. Você pode mudar o dia para o que funciona para você.
mysql > PURGAR REGISTOS BINÁRIOS ANTES DE DATE_SUB (NOW (), INTERVAL 7 DAY);
Na maioria dos casos, eu recomendaria o número 1, porque às vezes é útil ter alguns dias de registros de caixa.