Ouch .. isso é uma tarefa e tanto.
Software como Munin, cactos ou zabbix provavelmente seria o mais adequado e cobriria facilmente o primeiro e terceiro pontos. Eu suspeito que Munin é possivelmente o mais fácil dos três para esses pontos. O segundo e quarto são um pouco mais complicados. Não tenho certeza de nenhum sistema de monitoramento que possa fornecer tempo total de CPU por um período. Normalmente, a coleta de métricas do sistema é centrada na idéia de "O que está errado", em vez de na contabilização do sistema. Espero que alguém possa ter uma sugestão.
Como ponto de partida para o ponto 4, você precisa habilitar os recursos de contabilidade do processo, algo que é parte integrante do Linux há algum tempo. Há alguns bons detalhes aqui: link que o ajudará a começar permitindo a contabilidade do processo e as informações de leitura que ele retorna.
Uma razão para sugerir a Munin é que é relativamente trivial escrever plugins, e eu suspeito que você precise para o que você está tentando alcançar.
Gostaria de poder ajudar mais.