Você pode usar o IPsec ou o Firewall do Windows para fazer isso.
A versão do Windows determinará como você faz isso. Versões mais recentes - por exemplo. O Windows Server 2008 e 2008 R2 expõe essa capacidade por meio do Firewall do Windows no painel de controle.
Você deseja verificar se o SQL Server está escutando em um número de porta fixo e, em seguida, controlar o acesso a essa porta configurando uma regra de firewall para permitir apenas que um endereço IP (ou sub-rede) específico se conecte.
Eu fiz uma coisa semelhante para um cluster SQL 2000 em execução no Windows Server 2003. Nesse caso, criamos um script de várias regras IPsec para permitir que apenas uma máquina específica possa se conectar à porta SQL.