O cmdlet Start-OnlineCoexistenceSync
deve produzir um evento no log de eventos (com o ID do evento 4 e a origem de eventos "Directory Synchronization" e dizer algo como "A exportação foi concluída" que indicará que a sincronização de diretórios está completo.
Então, o que você quer fazer é fazer com que seu script do Powershell espere que o evento apareça. Dessa forma, você está apenas esperando o tempo que precisar e não mais. É claro que você também desejará codificar em condições de erro, como o tempo máximo que você esperará até que você desista, etc.