A filiação pode ser uma maneira segura de implementar a autenticação de formulários, mas, como com qualquer coisa relacionada à segurança, é tudo sobre como você a implementa. Também é importante considerar se o seu back-end será o diretório ativo (o que facilita as coisas) ou outra coisa, e como essas conexões serão protegidas. Esta é a página do MSDN para proteger um site usando associação.