Se você atualizar o BIOS com sucesso, o resultado será o mesmo, seja qual for a maneira que você escolher, basta seguir as instruções. Não se preocupe e atualize-o do Windows. O BIOS é carregado antes do sistema operacional e é um software independente.
Sobre a compatibilidade, se você fez alguma alteração na configuração padrão do BIOS, faça anotações para poder fazer as mesmas alterações depois que o novo BIOS for carregado. É difícil dizer o que poderia acontecer, geralmente a atualização do BIOS fará alterações imperceptíveis, mas em casos raros, alguns dispositivos podem alterar seu comportamento, nesse caso, você sempre pode carregar a versão anterior do BIOS, para fazer anotações de sua versão atual para ter certeza.