Eles podem ser carregados do servidor cache.dns, mas também podem ser carregados a partir do diretório ativo.
Se o seu servidor DNS também for um DC, ele carregará automaticamente as dicas de raiz do AD primeiro. Se não for um DC, ele usará o arquivo cache.dns.
Qualquer personalização das Dicas de Raiz é armazenada em:
DC=RootDNSServers,CN=MicrosoftDNS,DC=DomainDnsZones,DC=<company>,DC=<tld>
Como Shane mencionou, acredito que a cópia na partição do domínio é usada para compatibilidade com versões anteriores.