Ao usar o APC, uma das coisas que você precisa saber é quanto de memória será alocada para o APC. apc.shm_size
controla a quantidade de memória alocada. Todas as minhas configurações estão configuradas para usar 30M (acredito que 32M é a opção padrão). Além disso, verifique sua "contagem total de cache" para garantir que o APC esteja realmente funcionando. Isso mostra com que frequência o cache está na capacidade máxima. Se o cache estiver sendo constantemente preenchido, certamente causará um grande impacto no desempenho do seu script. Você também pode tentar permitir que o PHP use mais memória como um caso de teste