Verifique se os repositórios configurados são realmente os que você espera ver. Você pode executar yum repolist -v | grep baseurl
para ver todos os URLs que o yum tentaria fazer o download. Você poderia então usar wget
para baixar cada um deles e ver se você recebe um erro semelhante. Talvez até mesmo acrescentar /repodata/repomd.xml
ao final de cada URL, que é o que o yum faria primeiro de qualquer maneira.