Faz muito tempo desde que eu mexi com o servidor vmware (ESXi é grátis!: D), mas eu acho que você deveria ser capaz de fazer assim:
- tire um instantâneo da VM. Isso cria um disco delta que permite que a máquina continue gravando no disco.
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# vmkfstools -e /myVM2/target.vmdk -d vmfs /myVM1/source.vmdk
- copie os arquivos vmx e nvram também.
Se você decidir executar o ESXi no futuro, há o fabuloso guetoVCB: link