Presumo que você esteja retendo 90 dias de imagens no seu post. Fazendo alguma matemática rápida, parece que você precisa de 4,28 TB de armazenamento. Quais são os padrões de E / S como (ou seja, qualquer um dos dados é acessado com mais freqüência)? Quantos volumes você tem esses dados espalhados? Com que rapidez o desempenho é degradado para um nível inaceitável após uma desfragmentação?
Se você não estiver disposto a fazer alterações no sistema (introduzindo um banco de dados), talvez você deva se concentrar em como você pode desfragmentar de maneira gerenciável com as ferramentas que são empacotadas com o sistema operacional. Gire e divida os dados em vários LUNs menores para que você possa desfragmentá-los individualmente. Depois que você terminar de escrever X dias de dados, mova para o próximo LUN e desfragmente o volume com os X dias anteriores. Se você não está mais escrevendo, não deve introduzir mais fragmentação.
Se você tiver recebido um orçamento considerável, poderá procurar um meio de armazenamento que seja imune à fragmentação (como um SSD).