Por pacotes de políticas do Debian (e, portanto, do Ubuntu), nunca use /usr/local/ para nada.
Se um pacote o utilizou, você pode descobrir usando debsums -s para encontrar arquivos ausentes.
Se você não quiser instalar o debsums , basta fazer:
grep '/usr/local/' /var/lib/dpkg/info/*.list
No meu laptop Debian (com abundância de coisas instaladas) isso não mostra resultados, exatamente como você esperaria.
/usr/local é usado para binários e scripts instalados localmente e, para aqueles que você deve ter backups.