Não há como fazer isso imediatamente. Se você for fazer raramente, o processo manual de negar as pastas pai será mais eficiente.
Se, no entanto, essa é uma tarefa que você acha que se repetirá com bastante frequência, é possível criar um utilitário usando a API do TFS para fazer isso por você.
(algo ao longo destas linhas. Atenção, isso não é testado)
vcs = //...VersionControlServer reference...
string checkinPath = @"$/MyProject/Sources/Whatever";
string identityName = @"[MyProject]\Contributors";
string[] removesNone = new string[]{ };
string[] allowsNone = new string[]{ };
string[] deniesNone = new string[]{ };
string[] allowsCheckin = new string[]{ PermissionChange.ItemCheckin };
string[] deniesCheckin = new string[]{ PermissionChange.ItemCheckin };
PermissionChange pc = new PermissionChange(
checkinPath, identityName, allowsCheckin, deniesNone, removesNone);
vcs.SetPermissions(new SecurityChange[]{ pc } );
// walk up the path denying on parent folders
checkinPath = checkinPath.Substring(0, checkinPath.LastIndexOf('/'));
while (checkinPath.Length > 2)
{
PermissionChange pc = new PermissionChange(
checkinPath, identityName, allowsNone, deniesCheckin, removesNone);
vcs.SetPermissions(new SecurityChange[]{ pc } );
checkinPath = checkinPath.Substring(0, checkinPath.LastIndexOf('/'));
}