A única maneira que uma configuração para 16GB em uma caixa de 12GB seria um problema é se o MySQL está tentando usar mais recursos de memória do que o sistema. A maioria dos servidores MySQL está configurada para usar muita memória, mas isso não faz com que eles rodem mal desde o primeiro dia. Se a caixa não está trocando e o MySQL está ficando OOM morto, não é o fato de que é uma configuração para uma caixa de 16GB em uma caixa de 12GB.
Se o problema estiver no lado do MySQL, você pode começar verificando a lista de processos com SHOW PROCESSLIST;
. Se levar 500 segundos, você definitivamente verá algumas consultas suspensas. Se as consultas que estão sendo executadas estão sendo truncadas, você pode executar SHOW FULL PROCESSLIST;
.
Também sugiro ativar o registro lento de consultas . Depois de identificar qualquer problema, você pode usar a declaração EXPLAIN para ver se suas consultas estão usando os índices que você tem.
Se você isolar o problema no banco de dados, ainda haverá muitas variáveis. O primeiro passo é descobrir quais consultas estão indo devagar e partir daí. Você provavelmente descobrirá que melhorar as consultas proporcionará o maior aprimoramento em relação a qualquer alteração nas configurações do servidor.