Não testado, mas se você está feliz com o ClamAV, o seguinte deve funcionar:
Instale o ClamAV (habilitando o repo EPEL primeiro):
yum install -y epel-release
yum install clamav
Via: link
Então você pode atualizar o ClamAV:
/usr/bin/freshclam
Em seguida, digitalize:
/usr/bin/clamscan -r --infected /
--infected (-i)
: imprime somente arquivos infectados.
--recursive (-r)
: varre diretórios recursivamente. Todos os subdiretórios no diretório fornecido serão verificados.
Vale a pena notar que, por padrão, clamscan
não não remove arquivos, você teria que configurar manualmente a opção: --remove[=yes/no(*)]
Via: link
Em relação à verificação de assinaturas do windows no linux, vou encaminhá-lo para esta resposta aceita no AskUbuntu: O vírus ClamAV Scan Windows?
In practice however, you will mainly use a virusscanner to protect your Windows partners. ClamAV does scan for Windows viruses as well.