Após o ajuste fino do mySQL, consegui fazer com que a CPU baixasse de 90% para cerca de 35%. Está inativo tão alto por causa das instruções select que são usadas para replicação em um servidor sybase.
Programas que usei para sintonizar
mySQLtuner 1.2.0 pelo Major Hayden
AND
Primer de ajuste de desempenho do mySQL Por Matther Montgomery.