Você inclui "repositories / *. conf", mas seu arquivo está em repositories / cms / admin / repoA.conf. Os curingas do asterisco (pelo menos no gitolite) não corresponderão aos componentes do subdiretório. Eles se referem ao caractere curinga como um glob no link e, em geral, os shell globs corresponderão apenas dentro do diretório eles são usados.
Como ele não encontra nenhum repositório / *. conf (e, portanto, nunca seu repoA.conf), ele não estará criando esses repositórios.