Nossos servidores eram Mysql no Windows e nós tivemos que mudá-los para o Linux. Nos novos servidores nós definimos lower_case_table_names = 1 em my.cnf e então copiamos os esquemas com mysqldump old-server | mysql new-server (Eu não me lembro se nós copiámos os esquemas mysql e information_schema também, ou apenas aqueles com nossos dados, você deve tentar ambos maneiras).
Tudo está funcionando da mesma maneira que antes. Além das tabelas, usamos views, stored procedures e stored functions (mas não triggers)