Eu acho que você deve considerar isso caso a caso (dependendo dos serviços que você está executando em seu servidor). Por exemplo, eu não colocaria o ntpd em um grupo baixo de prio porque você confia nele para definir o tempo correto, de modo que qualquer atraso na execução do código ntpd resultaria em imprecisão de tempo. Também o ntpd tem baixo uso de recursos, então por que se preocupar com isso?
Mas faz sentido limitar outros processos, como o yum e outros processos não críticos do sistema, que você pode estar executando como ambiente de GUI, navegador, etc. Estes tendem a ser bastante fome de recursos geralmente.