Não sei porque, mas a resposta foi reconstruir todas as portas
portupgrade -a
depois de executar este pkg_version agora percebe que o php está instalado.
Felizmente esta não é uma máquina de produção, então isso não foi um problema se eu fizer isso acontecer em uma máquina de produção. Eu acho que precisarei de uma resposta melhor, então se alguém tiver uma explicação do porquê portupgrade -a pode ter consertado minha questão que seria muito útil.