Veja o link para obter uma descrição longa e detalhada, embora não muito útil, sobre o que está acontecendo quando você inicia aplicativos de uma sessão de telnet. Muitos anos atrás eu escrevi um servidor de telnet para o Windows NT3.50 e aprendi tudo isso da maneira mais difícil: -)
Eu acho que você precisa olhar novamente para o que você está tentando fazer. De sua descrição eu acho que você tem algum aplicativo GUI sendo executado por um usuário logado e você quer matá-lo para que você possa fazer alguma manutenção, em seguida, reiniciá-lo. Matar é fácil, pois você pode simplesmente matar o processo. Reiniciá-lo de qualquer maneira útil é mais difícil. Você poderia definir o PC para autologin e executar o aplicativo no menu Iniciar? Então você pode simplesmente reiniciar o PC quando você pegar seus arquivos. Tenho um pouco de vergonha de admitir que foi isso que fiz em circunstâncias semelhantes.
JR