Sim. conf.d arquivos estão incluídos na configuração do Apache com uma linha como:
Include conf.d/*.conf
para que as alterações sejam notadas apenas quando a configuração principal for recarregada. Observe que você também pode usar a reinicialização 'graciosa' ( /etc/init.d/httpd graceful em alguns, apachectl graceful em outros) para recarregar a configuração sem descartar as conexões existentes.