Existem muitas coisas que você pode fazer. Esta é uma lista parcial:
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Se o script realmente precisar ser executado periodicamente, coloque-o no crontab e pare de executá-lo manualmente.
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Use um sistema como o MCollective (relacionado, mas não exatamente parte do fantoche) para executar comandos remotamente em um grande número de máquinas de uma só vez.
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Use as chaves ssh para permitir logins raiz de usuários específicos. Isso carrega um risco de auditoria, na medida em que a pessoa que efetuou login não pode ser registrada, portanto, é realmente apropriada apenas para instalações muito pequenas.
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Em
/etc/sudoers
, especifique apenas os scripts específicos que podem ser executados sem uma senha; qualquer outra coisa exigiria uma senha.